COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 11.707252 20.846986 20.839922
2021-03-30 17:00:00 17.836899 17.836899 20.689015
2021-03-29 17:00:00 23.590437 23.590437 20.651230
2021-03-28 17:00:00 21.648085 21.648085 20.643889
2021-03-27 17:00:00 21.474255 21.474255 20.593317
2021-03-26 17:00:00 21.594346 21.594346 20.608344
2021-03-25 17:00:00 20.219717 20.219717 20.587025

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 8.988764 8.988764 14.744604
2021-03-30 17:00:00 8.533185 8.533185 14.907124
2021-03-29 17:00:00 21.313035 21.313035 14.941150
2021-03-28 17:00:00 19.735877 19.735877 15.245705
2021-03-27 17:00:00 20.689655 20.689655 15.644502
2021-03-26 17:00:00 23.444976 23.444976 16.063803
2021-03-25 17:00:00 13.790036 13.790036 16.289656

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 14.365079 22.156197 22.065810
2021-03-30 17:00:00 22.535211 22.535211 21.937150
2021-03-29 17:00:00 14.864865 21.577123 21.761205
2021-03-28 17:00:00 24.584718 24.584718 21.559085
2021-03-27 17:00:00 19.444444 23.050260 21.528917
2021-03-26 17:00:00 21.568627 21.568627 21.172545
2021-03-25 17:00:00 18.563923 18.563923 20.855532

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 8.028299 17.904305 13.863395
2021-03-30 17:00:00 11.312217 11.312217 13.687646
2021-03-29 17:00:00 14.075630 6.968279 13.624148
2021-03-28 17:00:00 17.239755 17.239755 13.701331
2021-03-27 17:00:00 16.461439 16.461439 13.645243
2021-03-26 17:00:00 14.486639 14.486639 13.684982
2021-03-25 17:00:00 15.243902 15.243902 13.669879

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 8.641408 15.765954 16.054711
2021-03-30 17:00:00 16.452254 16.452254 15.852045
2021-03-29 17:00:00 17.882821 30.533884 15.663770
2021-03-28 17:00:00 14.833959 14.833959 15.523817
2021-03-27 17:00:00 14.332987 14.332987 15.424476
2021-03-26 17:00:00 14.734373 14.734373 15.192488
2021-03-25 17:00:00 14.241443 14.241443 15.004699

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 22.333333 37.912606 46.608499
2021-03-30 17:00:00 36.669756 62.125425 46.289498
2021-03-29 17:00:00 80.311502 45.369430 46.952232
2021-03-28 17:00:00 51.768411 51.768411 46.997190
2021-03-27 17:00:00 47.211819 47.211819 46.744354
2021-03-26 17:00:00 50.474984 50.474984 47.054268
2021-03-25 17:00:00 41.582965 41.582965 46.683803

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 9.913259 20.264565 19.976784
2021-03-30 17:00:00 18.648310 18.648310 19.877144
2021-03-29 17:00:00 25.315391 25.315391 20.109282
2021-03-28 17:00:00 17.260062 17.260062 20.170754
2021-03-27 17:00:00 17.948718 17.948718 20.286934
2021-03-26 17:00:00 22.390671 22.390671 20.439127
2021-03-25 17:00:00 22.905332 22.905332 20.737638

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 4.795200 8.939906 8.829502
2021-03-30 17:00:00 7.902962 7.902962 8.847501
2021-03-29 17:00:00 14.217673 7.079959 8.764348
2021-03-28 17:00:00 10.944206 10.944206 8.749403
2021-03-27 17:00:00 9.370507 9.370507 8.730139
2021-03-26 17:00:00 9.362457 9.362457 8.799269
2021-03-25 17:00:00 9.543048 9.543048 8.810877

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 11.825450 17.967599 17.203471
2021-03-30 17:00:00 12.535247 17.951542 16.951740
2021-03-29 17:00:00 134.800000 12.421673 16.569647
2021-03-28 17:00:00 20.459290 20.459290 16.322269
2021-03-27 17:00:00 19.578090 19.578090 16.179698
2021-03-26 17:00:00 17.838828 17.838828 15.985028
2021-03-25 17:00:00 16.233980 16.233980 15.631849

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 18.696305 33.721980 30.213540
2021-03-30 17:00:00 44.753044 24.990450 30.565183
2021-03-29 17:00:00 30.834050 14.630166 30.052026
2021-03-28 17:00:00 33.051643 33.051643 30.221218
2021-03-27 17:00:00 36.180458 36.180458 30.372478
2021-03-26 17:00:00 36.493675 36.493675 30.495427
2021-03-25 17:00:00 35.668340 35.668340 30.659586

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 7.833360 15.504616 16.361598
2021-03-30 17:00:00 10.673077 10.673077 16.591600
2021-03-29 17:00:00 31.266846 7.600328 16.393961
2021-03-28 17:00:00 19.858435 19.858435 16.891534
2021-03-27 17:00:00 22.650376 22.650376 17.366352
2021-03-26 17:00:00 22.579564 22.579564 17.879388
2021-03-25 17:00:00 19.639469 19.639469 18.387698

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 3.373946 3.373946 5.297251
2021-03-30 17:00:00 0.892857 12.946429 5.372720
2021-03-29 17:00:00 9.740260 9.740260 5.480762
2021-03-28 17:00:00 8.433735 3.176342 5.686217
2021-03-27 17:00:00 11.191336 11.191336 5.911687
2021-03-26 17:00:00 7.181572 7.181572 6.103423
2021-03-25 17:00:00 3.312303 3.312303 6.580214

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 3.874172 7.112462 7.281428
2021-03-30 17:00:00 9.453782 9.453782 7.386731
2021-03-29 17:00:00 13.833992 2.085195 7.495959
2021-03-28 17:00:00 7.596154 7.596154 7.794867
2021-03-27 17:00:00 5.892857 5.892857 8.258851
2021-03-26 17:00:00 10.691824 10.691824 8.875053
2021-03-25 17:00:00 8.493490 8.493490 9.748253

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 22.727273 33.939394 44.247509
2021-03-30 17:00:00 44.954128 44.954128 45.245669
2021-03-29 17:00:00 40.776699 20.715166 45.300456
2021-03-28 17:00:00 42.187500 42.187500 46.201665
2021-03-27 17:00:00 54.020101 54.020101 47.945346
2021-03-26 17:00:00 55.737705 55.737705 49.292552
2021-03-25 17:00:00 67.816092 67.816092 50.959147

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 13.979658 31.998019 27.119462
2021-03-30 17:00:00 22.853985 22.853985 26.699413
2021-03-29 17:00:00 31.464435 31.464435 25.955035
2021-03-28 17:00:00 26.090632 26.090632 25.826308
2021-03-27 17:00:00 26.439318 26.439318 25.453163
2021-03-26 17:00:00 26.436064 26.436064 24.939201
2021-03-25 17:00:00 24.333239 24.333239 24.694363

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 22.581260 44.803783 40.887549
2021-03-30 17:00:00 24.494706 24.494706 40.146603
2021-03-29 17:00:00 22.599195 50.273145 40.951798
2021-03-28 17:00:00 88.209176 88.209176 41.170404
2021-03-27 17:00:00 41.607957 41.607957 40.945075
2021-03-26 17:00:00 39.452555 39.452555 40.160378
2021-03-25 17:00:00 39.901865 39.901865 39.936300

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 4.752234 13.981279 9.415151
2021-03-30 17:00:00 8.109177 8.109177 9.166172
2021-03-29 17:00:00 12.528648 12.528648 8.914771
2021-03-28 17:00:00 9.575185 7.705628 8.695512
2021-03-27 17:00:00 12.424242 7.662338 8.324554
2021-03-26 17:00:00 8.356808 8.356808 8.042459
2021-03-25 17:00:00 7.104377 9.138155 7.810678

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 25.517516 17.734873 15.352492
2021-03-30 17:00:00 NaN 15.589420 15.134260
2021-03-29 17:00:00 15.821782 15.821782 14.831235
2021-03-28 17:00:00 16.229564 16.229564 14.641810
2021-03-27 17:00:00 15.589420 15.589420 14.455032
2021-03-26 17:00:00 13.397417 13.397417 14.316542
2021-03-25 17:00:00 13.695486 13.695486 14.151143

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 7.635768 15.746283 13.472951
2021-03-30 17:00:00 13.846515 13.846515 13.360783
2021-03-29 17:00:00 18.493027 10.228924 13.193879
2021-03-28 17:00:00 14.106001 14.106001 13.151176
2021-03-27 17:00:00 13.498344 13.498344 13.115105
2021-03-26 17:00:00 13.882124 13.882124 13.029264
2021-03-25 17:00:00 14.278160 14.278160 12.904101

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 11.402359 11.402359 18.898906
2021-03-30 17:00:00 19.935691 19.935691 18.828666
2021-03-29 17:00:00 38.888889 38.888889 18.466334
2021-03-28 17:00:00 25.431711 25.431711 18.637274
2021-03-27 17:00:00 27.106227 27.106227 19.026375
2021-03-26 17:00:00 26.644463 14.487927 19.119932
2021-03-25 17:00:00 22.554890 22.554890 19.223835

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 5.531915 17.077176 19.466471
2021-03-30 17:00:00 13.571429 24.126984 18.601074
2021-03-29 17:00:00 44.262295 8.866995 18.468293
2021-03-28 17:00:00 27.304965 27.304965 18.086894
2021-03-27 17:00:00 43.103448 20.344828 17.909425
2021-03-26 17:00:00 18.095238 18.095238 18.056189
2021-03-25 17:00:00 20.748299 20.748299 17.978531

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-01 17:00:00 30.933889 30.933889 30.162288
2021-03-30 17:00:00 20.113920 20.113920 30.395462
2021-03-29 17:00:00 17.304493 40.313763 30.961095
2021-03-28 17:00:00 34.675228 34.675228 31.015514
2021-03-27 17:00:00 31.512003 31.512003 30.747398
2021-03-26 17:00:00 30.745524 30.745524 31.272069
2021-03-25 17:00:00 27.203625 27.203625 31.254347

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 8.988764 8.988764 14.744604
Basilicata 14.365079 22.156197 22.065810
Calabria 8.028299 17.904305 13.863395
Campania 8.641408 15.765954 16.054711
Emilia-Romagna 22.333333 37.912606 46.608499
Friuli Venezia Giulia 9.913259 20.264565 19.976784
Lazio 4.795200 8.939906 8.829502
Liguria 11.825450 17.967599 17.203471
Lombardia 18.696305 33.721980 30.213540
Marche 7.833360 15.504616 16.361598
Molise 3.373946 3.373946 5.297251
P.A. Bolzano 3.874172 7.112462 7.281428
P.A. Trento 22.727273 33.939394 44.247509
Piemonte 13.979658 31.998019 27.119462
Puglia 22.581260 44.803783 40.887549
Sardegna 4.752234 13.981279 9.415151
Sicilia 25.517516 17.734873 15.352492
Toscana 7.635768 15.746283 13.472951
Umbria 11.402359 11.402359 18.898906
Valle d'Aosta 5.531915 17.077176 19.466471
Veneto 30.933889 30.933889 30.162288

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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